Toda empresa "nasce" sob o regime tributário de Lucro Real. Ponto. Fato indiscutível mesmo que o seu contador diga o contrario. Se ele falou algo diferente disso, ele não sabe o que esta falando. Raríssimas  e (complexas) exceções como ONGS ou Entidades Sem Fins Lucrativos (e sim, embora relacionadas, não são a mesma coisa) não se aplica a regra.

Deixando minha opinião de lado e falando tecnicamente:

Por padrão legal, empresas são registradas sobe o regime tributário Lucro Real, que é o regime geral de tributação no Brasil.

Após o registro da empresa, ela poderá "optar" ou se enquadrar em outro regime tributário, dependendo do seu porte, produtos e serviços comercializados.

Mas o que é um Regime Tributário?

Regime tributário é o conjunto de regras que define como uma empresa pagará seus tributos (IRPJ, CSLL, PIS, COFINS, etc.), sendo os principais no Brasil o Simples Nacional, Lucro Presumido e Lucro Real, além do MEI. A escolha impacta diretamente a carga tributária, baseada no faturamento, atividade e margem de lucro.

Conheça agora informações sobre os regimes tributários: